O Instituto de S. José é propriedade da Congregação das Irmãs de Santa Doroteia. Esta Congregação Religiosa foi fundada em Quinto – Génova, em 1834, por Paula Frassinetti. A finalidade da Congregação nascente era a Educação. À medida que o conceito de educação foi evoluindo, a Congregação foi alargando a sua proposta educativa a outros espaços e a outras atividades.
A 15 de janeiro de 1878, sob a orientação das Irmãs Doroteias, ainda em vida de Paula Frassinetti, foi fundado o Colégio de S. José (hoje Instituto de S. José), em Vila do Conde, dedicado à educação das meninas das diferentes classes sociais. Em 1903 foi transferido para esta casa o Noviciado, até aí em Lisboa, a fim de acolher as jovens que queriam consagrar a sua vida totalmente a Deus, ao serviço da educação, na Congregação das Irmãs Doroteias. Em 1907, para maior sossego e segurança, foi também transferida para Vila do Conde a Casa Provincial, tornando-se assim, Vila do Conde, o centro da Congregação em Portugal.
Em 1910, com a implantação da República, dá-se a expulsão de todas as Ordens e Congregações Religiosas de Portugal. Consequentemente, as irmãs abandonaram o edifício e o Colégio fechou as portas durante vinte anos. Reabriu a 14 de outubro de 1920. No dia 29 de setembro de 1949, mercê de várias circunstâncias, o Colégio de S. José fecha de novo as suas portas.
Em 1953 a casa é posta à venda, porém não apareceram compradores e a população vila-condense reclama o regresso das Irmãs Doroteias. Em 1955 as Irmãs regressam não para reabrir o Colégio mas antes para dar início a uma obra assistencial.
Em 1958 são elaborados os Estatutos do Instituto Familiar e Profissional de S. José, Estatutos estes que são aprovados pela Direção Geral da Assistência em 9 de fevereiro de 1959, contemplando as seguintes áreas: Jardim de Infância, Atividades de Tempos Livres, Oficinas de Costura e de Malhas em ordem à preparação profissional de jovens e Colónias de Férias de Verão.
Em 11 de setembro de 1978 são aprovados os novos Estatutos que aperfeiçoam os primeiros e o Instituto Familiar e Profissional de S. José passa a chamar-se Instituto de S. José e começa a receber crianças de ambos os sexos.
Em 1982 os Estatutos são de novo revistos e aperfeiçoados, precisando bem o âmbito da ação educativa do Instituto de S. José e clarificando ainda mais a sua finalidade.
Em 20 de julho de 1983 o Instituto de S. José é registado no Livro das Fundações de Solidariedade Social. Ao longo da década de noventa, as Oficinas de Costura e de Malhas e as Colónias de Férias no Verão deixaram de existir, permanecendo apenas as duas Respostas Sociais: Jardim de Infância e Atividades de Tempos Livres para alunos do 1º Ciclo.
Em setembro de 2010, o Instituto de S. José, atento às necessidades da população, alargou a sua resposta social abrindo um novo espaço educativo para crianças dos zero aos três anos. Para tal, foi necessário construir um edifício novo destinado à Creche, após ter sido submetida em 2007 uma Candidatura ao Programa PARES.
Presentemente são três as respostas sociais do Instituto de S. José: Creche, Jardim de Infância e Centro de Atividades de Tempos Livres para crianças/jovens do 1º, 2º e 3º ciclos (Centro de Estudo).
